Os censos visuais por mergulho são um método não destrutivo, uma vez que não existe captura de organismos. esta amostragem é realizada ao longo de uma fita métrica estendida sobre o fundo. São realizados dois tipos de amostragem, uma dirigida aos peixes da coluna de água (Pelágicos e Demersais) e outra dirigida aos peixes de fundo (Bentónicos) e de buraco (Crípticos). Para as espécies pelágicas e demersais são realizados, em cada local, três transectos de 20 metros de comprimento por 4 de largura, enquanto que para as espécies bentónicas e crípticas, são realizados três transectos de 10 metros por 1 de largura. Em ambos os casos são identificadas e contadas as espécies observadas.

Os mergulhos são realizados nos molhes Leste e Oeste, tanto no interior com no exterior do estuário, e num naufrágio existente e frente ao cais comercial de Portimão.